目錄
（上篇）
夢的開端：浪士組上洛
（一）試衛館
（二）初到京都
厲兵秣馬：新選組成立
名震天下：京都立戰功
（一）池田屋事件
（二）禁門之變
風起雲湧：新選組重組
（一）切腹判決
（二）集中體檢
風暴前夜：新選組內亂
（一）三條制札事件
（二）禦陵衛士脫隊
（三）肅清高臺寺黨
（下篇）
戊辰戰火：新選組覆亡
（一）舊幕府軍舉兵
（二）鳥羽伏見之戰
（三）甲州勝沼之戰
（四）宇都宮城之戰
北上抗戰：孤獨的征途
（一）東北戰爭
（二）平定蝦夷
（三）官軍上陸
（四）決戰箱館
明治以後：隊士的晚年
落日餘暉：後世的爭議
（一）是封建統治的衛道者嗎？
（二）是最後的武士們嗎？
（三）是軍國主義的化身嗎？
（四）傢禛大禦所的十字總評
19世紀下半葉，正值日本的動蕩時期。1853年黑船來航，正式開啟瞭江戶幕府的最後時期——幕末。進入六十年代，1860年發生瞭“櫻田門外之變”、1861年發生瞭“俄羅斯軍艦占領對馬島事件”、1862年又發生瞭“坂下門外之變”，使政治局勢變化莫測。朝野的“鎖國”、“攘夷”呼聲高漲，主張開國開港的幕府備受苛責；千百年來疏遠政事的朝廷也被雄藩高高捧起成為對抗幕府的旗幟，使政治局勢愈發混亂；內憂外患交織，江戶的統治岌岌可危。我們本期的主角新選組（日語：新選組，有時也作“新撰組”），就在這樣的環境下登上瞭歷史的舞臺。
我在大概2014年的時候初次接觸瞭“新選組”，那時通過番劇《薄櫻鬼》、小說《壬生義士傳》和電視劇《新選組血風錄》留下來一個感性的印象，這三部作品可謂是我的新選組入坑三部曲，也是幕末史啟蒙作品。後來逐漸走上瞭理性考據的道路，愛上瞭歷史也愛上瞭幕末。如今我已在幕末史上踏出瞭一個又一個腳印，是時候該駐足回望起步的地方瞭，故秉持感謝與恭敬的態度，特作此文。作者：德川傢禛。
（如無特殊說明，本文中用漢語標註的月份為舊歷，阿拉伯數字標註的月份為公歷）
夢的開端：浪士組上洛
（一）試衛館
1834年11月5日（天保五年），宮川勝五郎出生於武藏國多摩郡上石原村（位於今東京調佈市），14歲時（1848年），勝五郎前往當地一傢天然理心流道場試衛館學習劍術。由於他體格健壯、性格開朗、沉穩樸實而受到大傢的認可，又練就精湛的劍術經常參加附近的比武，還在宮川傢遇竊時挺身而出殺退盜賊，有勇有謀的勝五郎讓道場主近藤周助甚是喜愛，將其收為養子。出身庶民傢庭的勝五郎得以使身份升入武士行列，令旁人羨艷。然而大傢更不會知道的是，這一介百姓之子未來會成為聲名顯赫的幕臣，並為創立聞名後世的新選組立下不世之功，還會把試衛館與天然理心流的名聲傳遍天下。勝五郎後來將會改成一個更為人熟悉的名字，那就是“近藤勇”，響當當的新選組局長。
近藤勇在成長與修習期間，結識瞭武藏國多摩郡同鄉，隔壁石田村賣藥郎土方歲三，並邀請他進入道場學習。正式入門天然理心流。幕末史上讓人津津樂道的摯友搭檔就此義結金蘭。
在近藤周助的道場裡，有來自八王子同心傢庭的沉穩大哥井上源三郎，是近藤的師兄；還有一名內弟子也頗為有名，是大約在1851年9歲左右，寄居到道場學習的少年劍士沖田總司。他天賦異稟，年紀輕輕就成為瞭道場的塾頭指導劍術，是近藤勇的師弟兼弟子（因為後來近藤勇繼承瞭試衛館）。
由於近藤勇素來大方義氣，頗具豪俠氣概，所以盡管他經營的道場本來在江戶很不入流，卻因個人魅力收服瞭許多高手。其中有陸奧國仙臺藩的北辰一刀流劍客山南敬助、脫藩於播磨國明石藩禦傢人傢庭的劍士齋藤一、原籍蝦夷地松前藩神道無念流劍客永倉新八、伊予國松山藩槍術高手原田左之助、出身武藏國旗本傢族的藤堂平助等等。有的來做食客，有的來當弟子，有的來館比試後發自內心的折服，還有的近鄰登門拜訪一來二去就成瞭朋友，總之眾人其樂融融，暢談國事。
尤其是1853年黑船來航後日本的社會發生瞭劇烈的變化，幕府因是否簽訂開國通商條約而苦惱不已、朝廷中的公卿被堅船利炮嚇破瞭膽、各地的藩國開始謀求的救國之道、民間因外國商品的沖擊導致物價上漲。一切問題的源頭似乎都是可惡的外國人，於是排斥外國人，恢復鎖國時代的“攘夷論”應運而生，在日本社會上上下下迅速傳播。試衛館的眾人也對趾高氣昂的外國人心生激憤，想要攘夷，隻恨不能在國難當頭之際不能為國傢效力。不曾想，出山的機會很快就到來瞭。
時間來到文久二年（1862年），和宮降嫁後的江戶幕府並沒有如期實現公武合體，反倒向朝廷讓步瞭更多。這時在薩摩藩的鼓動下，朝廷向幕府下旨要求第十四代幕府將軍德川傢茂上洛覲見天皇，討論國事。將軍上洛絕非小事，何況這是距上次將軍上洛時隔229年的行動，為瞭保證將軍的安全並彰顯幕府的威嚴，接受瞭莊內藩鄉士清河八郎的獻策，在將軍德川傢茂上京之際，以護衛將軍的名義招募浪士。清河八郎的提議是“不論出身，廣納精忠報國之士。”然而也宣佈瞭加入浪士組可以赦免以往的罪行，使得一些懷有二心的人也混入其中。
招募志士的消息傳得很快很廣，熱衷於攘夷論的永倉新八聽說後詢問瞭試衛館的近藤、土方、山南的意見。這既是一次難得的出人頭地的機會，又符合瞭青壯年報國的志向，無疑對於出身底層的近藤、土方等希望成為真正武士的人有著極大的吸引。最終大傢普遍同意參加募集，於是試衛館的眾人就應征報名，和其他人共計234名浪人在護衛將軍和攘夷的旗號下集中瞭起來。作者：德川傢禛。
幕府表示瞭對召集天下精忠報國志士的肯定，按人頭給隊士分發瞭黃金。同時也進行瞭監管，由松平上總介忠敏、鵜殿鳩翁、窪田鎮勝、山岡鐵太郎、松岡萬、中條金之助、佐佐木隻三郎等人擔任禦目付、浪士取締役等職務負責領導並監督浪士組。
（二）初到京都
第二年，文久三年二月（1863年），聚集在一起的二百多名浪士在將軍上洛之前整編為“浪士組”，沿著中山道西進。隊伍行至本莊宿的時候來瞭一段不和諧的小插曲：由於宿場怠慢瞭一名隊士，這名背負三條人命的水戶浪人便再度開始不法行為——縱火，挑釁地稱天冷要點篝火取暖。一時間火光沖天，令眾人驚駭不已。這人便是芹澤鴨，這是他第一次在眾人前展現他蠻橫又無賴的氣概，店主敢怒不敢言。二月二十三日，浪士組總算平安無事地到達瞭京都。
然而幕府官員尚未看穿清河八郎的真正身份是在逃的攘夷派，他的目的並不是護衛將軍，而是成為尊王攘夷的先鋒。所以當浪士組到達京都後，清河馬上與尊攘派聯系，向朝廷提出瞭尊王倒幕的建白書。然而不久被發覺，並匯報給瞭負責管理浪士組的幕府老中板倉勝靜。
此時受到生麥事件刺激的尊攘派有瞭新的目標，於是清河八郎又提議浪士隊返回江戶，隨後封鎖橫濱港，在那裡實施攘夷。但芹澤、近藤拒絕瞭，還把這個消息告知瞭監管人鵜殿鳩翁，最終會津藩主松平容保下達瞭肅清清河八郎的指示。起初浪士組決定內部解決，刺殺清河，但遭到失敗。於是清河八郎毫發無傷地離開京都返回瞭江戶，準備繼續他的尊攘大業。
企圖將浪士組納入朝廷麾下的計劃被察覺後，負責監管的浪士取締役等人為瞭阻止清河的企圖，也要求浪士組返回江戶等待新的指示。而一想到來都來瞭，總得弄出點名堂，近藤土方等試衛館派8人和芹澤鴨新見錦等水戶派5人一拍即合，決定結成新的隊伍留在京都保護將軍，還有殿內義雄等4人則受到指示下留瞭下來。最終在鵜殿鳩翁的命令下浪士組分為兩撥，一波在京都的壬生村組成瞭新選組的前身“壬生浪士組”，另一波返回江戶待命。
說句題外話：回到江戶的一部分成員則結成瞭新選組的姊妹組織——“新征組（新徴組）”，隊士中有沖田總司的義兄沖田林太郎、侄子沖田芳次郎；還有作為幕末女劍士的中澤琴也十分出名。後來新選組歸會津藩管理，新征組隸屬於莊內藩，分別為幕府守衛京都與江戶。而這二藩也將會在未來戊辰戰爭中結成著名的“會莊同盟”，說起來也非常有意思。不過新征組就是另外一個故事瞭，以後我再單獨開一篇文章講述。讓我們把視野再轉回新選組來：
浪士組以壬生村的八木源之丞宅邸和前川莊治宅邸以及周邊的屋舍作為屯所，三月十日在幕臣的命令下他們向會津藩提交瞭請願書，於是收歸時任京都守護職的會津藩主松平容保麾下，負責輔助會津藩緝捕不逞浪士和市內警備。這時齋藤一也從江戶而來並決定加入浪士組，令試衛館的眾人十分欣喜。二十五日發生瞭浪士組有記錄以來的第一次內部肅清，殿內義雄被殺，接近他的那一派也隨之消散。這時壬生浪士組就由芹澤派和近藤派共同掌管，芹澤鴨、近藤勇、新見錦成為局長。其中芹澤作為“筆頭局長”也就是大局長，統管兩派。土方歲三、山南敬助則擔任副長。在初次隊士招募後，大約有瞭36人的規模，初具雛形。還制定瞭隊規，用以規范浪人出身的隊士們的行為，形成瞭著名的《局中法度》，包括五條內容：
一、不得違背士道
一、不得擅自脫隊
一、不得擅自借款
一、不得擅自訴訟
一、不得擅自私鬥
違背以上任意一條，切腹。
四月初，天氣漸熱，而由於會津藩撥款不足，浪士組又缺乏錢財，以至於連夏裝都沒法更換。於是芹澤帶隊恐嚇瞭大坂的兩替商（金錢兌換所）鴻池善右衛門等人，用得到資金準備瞭隊服、隊旗。為瞭在京都闖出名聲，芹澤要求服裝店仿照赤穗浪士的樣式縫制顯眼的著裝：淺蔥色的羽織搭配袖口的倒山形圖案，這件著名的隊服就這樣制作瞭出來。外披羽織內穿單衣下身著袴，新選組開始以統一耀眼的服裝上街巡邏，成為當時京都一道亮麗的風景。
作者：德川傢禛。不過好在會津藩得知瞭浪士組的行為，很快下發瞭二百兩資金，於是芹澤又如數奉還瞭“借款”。有借有還使商人們對浪士們的態度有所改觀，而隊士們自然也更加註重形象瞭。
四月十三日，傳來瞭最初的發起人清河八郎被佐佐木隻三郎斬殺的消息，對於之前刺殺失手的眾人來說，也算是任務結束，多少松瞭口氣，也更有信心在京都執行任務。然而芹澤卻總是與眾不同，他愈加為所欲為，常依著心情行事。其對不逞浪士的暴力執法、梟首示眾使民眾人心惶惶，引得小藩水口藩的公用人向會津藩舉報。而芹澤聞之，不僅不收斂，反而威脅瞭水口藩公用人。最後該事件以水口藩士賠禮道歉收場，而芹澤又在致歉的宴會上撒潑大鬧……
六月，芹澤近藤等10人為瞭取締不逞浪士再度來到大坂。途中，由於擦肩而過的力士（相撲手）沒有讓路，芹澤怒而動武。憤怒的力士們聽聞同伴受欺負，並以為芹澤等人是一般浪人，故手持棍棒跑來圍攻浪士組，一場亂鬥後造成瞭力士方面數十人死傷。由於奉行所（江戶時代幕府下設的治安機構）畏懼京都守護職而判定力士方有過。以力士方向壬生浪士組賠償50兩道歉而告終。這就是壬生浪士組時期著名的“大阪力士亂鬥事件”。據說後來力士們又與浪士組和解，一起喝瞭酒，還為浪士組舉辦瞭觀賞賽，然而…
在京都舉行相撲比賽大會的同時，八月十三日，30名隊士在芹澤鴨的帶領下，以京都的一傢名為大和屋的商店私通外敵為名向其索要資金，遭到拒絕後竟抬出大炮，轟擊店面，並造成瞭火災。面對熊熊大火，芹澤還威脅火消（消防員），不許他們滅火，直到大火自然熄滅。京都的居民大為恐慌，愈加厭惡“壬生狼”。會津藩主松平容保也聞訊大怒，下令將新選組局長等人叫出來痛斥。心想在我會津藩京都守護之名下，本叫你們保衛京都，怎麼把事情搞成這樣？會津藩士也越來越厭惡浪士組粗暴的作風，尤其是各種事件的始作俑者芹澤鴨。而近藤勇原本希望依靠相撲大賽拉近浪士組和京都民眾的關系，誰料又發生瞭這檔事，使浪士組名聲更加惡劣，自然怒火中燒。不過，在對付芹澤之前，一件更要緊的大事發生瞭。
厲兵秣馬：新選組成立
黑船來航後西方各國紛來沓至，由於幕府面對列強的威脅主張開國，並與外國簽訂瞭條約，被認為是“違背祖制、玷污皇國”，一些主張攘夷論的雄藩蠢蠢欲動，朝廷中的眾多公卿也激烈反對。然而公卿並沒有與幕府對抗的武力。於是文久三年來，同樣持有攘夷論觀念的長州藩趁虛而入，成為瞭公卿的武力後盾，而一些公卿也甘為長州藩搖旗吶喊，於是長州藩漸漸把控瞭朝政，以孝明天皇的名義要求幕府毀約、攘夷，發號施令，讓天子極為不快；甚至試圖武力控制朝廷，借口保護皇宮為名，由藩士益田親施率兵向京都進軍千餘人，將京都作為攘夷的大本營，天皇事實上被軟禁。更過分的是，長州藩還唆使朝廷公佈瞭偽造的“大和行幸詔書”，想要使天皇外出巡遊神社而離開皇宮，再縱火焚毀京都，以京都不宜居住為由挾持天皇，實現對天皇的徹底把控。盤算著如能控制瞭天皇，大義名分在握，那麼幕府若反對攘夷，則可以武力相逼。孝明天皇雖然也是攘夷論者，最初曾支持長州藩的政策，如今自己變成瞭棋子，遂越來越厭惡激進的長州藩和假借他名的公卿，並明確反對向外國開戰和武力逼迫幕府。
陽奉陰違的長州藩終於招致瞭天子之怒：孝明天皇在八月十三日借口身體不適，拒絕瞭大和行幸，推遲前往神武天皇陵祭拜的時間。並悄悄向京都守護職松平容保發出政變的密敕，於是會津、薩摩藩在十七日夜間秘密行軍迅速占領瞭皇宮。等到十八日清晨長州藩和尊攘派公卿才察覺失勢，但為時已晚。公武合體派一舉將尊王攘夷派的長州藩及公卿驅逐，是為“八月十八日政變”。
這次政變中，壬生浪士組也受到瞭會津藩的征召而出動瞭。芹沢召集瞭80名隊士舉著赤色白字的“誠”之旗。抵達蛤禦門時，據說由於守衛宮門的會津藩兵並不認識浪士組的眾人，從而拒絕放行，端起長槍要他們報上名來。據說當時近藤，新見被身披甲胄手執尖槍的藩兵震懾住瞭，而芹澤用鐵扇撥開尖槍，厲聲呵斥：“在下各位是會津候旗下新撰組壬生浪士組，奉命守衛宮門。膽敢無禮擅自阻攔必將後悔。”藩兵在芹澤鴨的呵斥下退讓瞭，好在這時會津藩公用人野村左兵衛聞訊趕來說明瞭情況，浪士組得以順利進入皇宮。而芹澤鴨的過人膽識也就漸漸在京都傳開瞭。
很快，長州藩見大勢已去，隻得引兵自退，所以並沒有發生交戰，眾人就這樣順利的完成瞭護衛工作。“八月十八日政變”的風波結束後，眾人迎來瞭一個令人欣喜若狂的好消息：由於朝廷和會津藩一致認可瞭浪士組，贊揚其警衛工作，得到瞭松平容保的賜名“新選組”，有時也寫作“新撰組”。大傢已經擺脫瞭一般浪人的身份，成為瞭正式在編的組織瞭，向著真正的武士邁進瞭一大步；而且還領到瞭按人數每月發放的俸祿，衣食無憂，不需要再像以前依靠敲詐商人來獲取主要收入，可以光明磊落的護衛將軍、維持京坂地區的治安瞭。
不過，雖然新選組明面上風光瞭起來，但隱藏在暗地裡的問題也越來越嚴重瞭。首先是作為新選組門面的局長芹澤鴨仍然經常出入京都的花街柳巷尋歡作樂、還在島原的酒樓裡大打大鬧，又強奪平民的妻妾，使全組的名聲受損；二來朝廷、幕府、會津藩都指望新選組能取締京都的不逞浪士，解決治安亂象，而芹澤鴨常常敲詐商人，脾氣上來時還會當街對無辜群眾施暴，反倒加劇瞭治安問題，令作為京都守護的會津藩既難看又難辦；而且新見錦、平間重助、平山五郎等水戶一派見局長芹澤鴨志得意滿，也開始有意無意的排擠試衛館的眾人，作威作福，在芹澤的威壓下近藤等人還不好反抗，地位愈加尷尬。
而八月十八日政變之後，外患已除時機成熟，結合前文提到的“炮擊大和屋事件”，大怒的松平容保最終向近藤土方山南等試衛館一派傳達瞭“解決問題”的密令，近藤心領神會，開始暗中籌劃對水戶一派的肅清。既然有會津藩的授意，也就給瞭試衛館派奪回主導權的機會。
九月十五日，近藤一派將新見錦逼至祇園的名叫山緒的店鋪內，細數他的惡行，逼其切腹；九月十六日晚，芹澤鴨、平間重助、平山五郎等在宴會上酣飲後回屋睡下，土方歲三、沖田總司、山南敬助等人暗殺瞭熟睡的平山五郎；芹澤鴨驚醒後試圖還手，最終在一番搏鬥之下也被斬殺；平間重助的房間離芹澤較遠，發現事態不對後立即逃離，從此不知去向。到這時水戶一派氣數已盡，近藤勇成為瞭新選組唯一的局長；同為芹澤部下的野口健司則在十二月也切腹瞭，從此新選組內的水戶一派徹底覆滅。就這樣，新選組的職位變成瞭我們熟悉的樣子——近藤勇為局長，土方歲三為副長，山南敬助為總長。
芹澤鴨的水戶一派在使新選組背負上巨大的惡名的同時，另一方面也闖出瞭“精忠報國志士”的威名、確定瞭新選組日後的工作范圍、搭建瞭管理制度、完成瞭護衛皇宮的主線任務、基本解決瞭資金問題，功過並存，應該以客觀的眼光分析、正確的態度對待。此時可以說他們的使命已經盡到，又以很具有新選組特色的方式退場瞭。接下來就由試衛館派來接過帶領浪士們的使命，開啟新選組的新時代。
名震天下：京都立戰功
（一）池田屋事件
進入元治元年（1864年），前一年因八月十八日政變而失勢的尊攘派企圖挽回勢力，又開始秘密聚集於京都。這一次的“尊攘志士”出身更為廣泛，不僅有來自長州藩的，還有來自薩摩、土佐等各藩的藩士和脫藩浪人。他們潛伏在京都，暗中謀劃活動，伺機破壞，如同黑夜中的鬼怪。對於異見者也就是開國派、幕府側人士，展開瞭血腥的“天誅”活動，即不分青紅皂白的暗殺，有時還會傷及無辜。這樣的事件始於安政七年（1860年），如今已有四個年頭，卻不見止息，甚至還有變本加厲之勢。令京都籠罩在恐怖的氛圍下，人心惶惶。
這裡值得一提的是，為瞭加強京都的治安，四月二十六日淺尾藩主蒔田廣孝、旗本松平康正就任京都見回役，受京都守護職的管理，組建瞭“京都見回組”。見回組也從事取締不逞浪士、維護京都治安的活動。不過成立該組的考量之一還有作為幕府的代表管理京都，與浪人出身的新選組競爭，打造幕府在京都市民心中的高大形象。所以他們的出身更高，隊士多為旗本子弟和禦傢人。主要管轄禦所和二條城周邊的重要街道，而新選組管轄祇園和三條等町人街、娛樂街。所以見回組很少與新選組合作，有時還會有一些摩擦、沖突。
五月下旬左右，新選組諸士調役兼監察的山崎丞、島田魁等人發現瞭在四條小橋上真町經營炭薪生意的枡屋喜右衛門舉止異常，遂向會津藩報告。通過搜查，發現瞭槍支彈藥和與長州藩來往的書信等，坐實瞭私通尊攘派、參與破壞活動的罪名。在元治元年六月五日（1864年7月8日）早晨，新選組逮捕瞭枡屋喜右衛門。他一心求死，最初拒絕向近藤勇招供，於是見識瞭土方歲三嚴酷的拷問。在倒吊毒打、鐵釘穿腳、蠟油滴燙之下最終吐露真言。枡屋本名為古高俊太郎，很早就與宮部鼎藏等尊攘派暗中交流，出入各大名和公傢的宅邸，進行情報活動和武器籌措。新選組從拷問中還得知瞭一個驚人的消息：“尊攘派將於祇園祭前的大風天伺機在皇宮裡縱火，通過趁亂將偏向幕府的中川宮朝彥親王幽禁，暗殺將軍後見職一橋慶喜、京都守護職松平容保以及佐幕派大名，給幕府致命一擊。並挾持孝明天皇移駕到長州，準備重新上演前一年失敗的挾天子以令諸侯大計。”
祇園祭舉辦在即，京都人來人往，新選組認為尊攘派的浪士們會以此為掩護暗下聚會碰頭，若是尊攘派得知瞭古高被捕的消息就難辦瞭，需要盡快搜捕，一網打盡。於是近藤在向會津藩報告後，命隊士們披上羽織整裝待發，準備徹查市中。當日傍晚，沒能等到會津藩出動的指示，也不管有沒有藩裡派出的援軍，新選組開始單獨搜索三條到四條街道。
新選組分為瞭三個隊伍，由近藤勇、土方歲三、松原忠司帶隊外出搜查浪人們可能聚集的場所。22點左右，近藤隊率先在池田屋附近發現瞭鐵炮等武器，確認瞭這裡就是來自各藩的尊攘派志士的密會場所。尊攘浪人們得知古高被捕的消息後，錯誤的相信瞭他不會把情報透露出去，於是反而聚集在酒屋裡商討下一步的對策，不得不說是給瞭新選組大顯身手的機會。
盡管眾人並不清楚池田屋內有多少尊攘浪人，支援也不知何時才能到來，近藤勇、沖田總司、永倉新八、藤堂平助4人還是以賭上性命與榮譽的決心毅然率先闖入，敲門並聲明瞭官府搜查。誰知池田屋主人入江惣兵衛見狀大呼小叫為浪人們示警，浪人們隨即拿起瞭武器並熄滅燈。近藤勇打暈惣兵衛後走上二樓，在對方拒捕並拔刀相向後，隨即開始瞭戰鬥。新選組一方隻有4人與室內人多勢眾的一大群尊攘浪人展開瞭激烈廝殺，其他人則把守屋外防止敵人出逃，並呼叫支援。受到襲擊的浪人們一邊應戰，一邊嘗試逃離酒屋。
這些尊攘浪人也並非等閑之輩。且不說幕末時代武傢男子人均練武、習劍，其中還不乏出身名門道場的劍客，有柳生新陰流的吉田稔麿、一刀流的河田佐久馬等等。而新選組既不熟悉環境，又是以少對多，自然陷入一番惡戰。沖田在戰鬥中倒下，最著名的解釋是“肺癆說”，認為他的肺癆在此時發作瞭，並描述瞭咳血場景（不過我個人更偏向“中暑說”或者“過勞說”）。另外，在一樓戰鬥的藤堂額頭不慎被砍傷，血液流入眼睛模糊瞭視線，隻得脫離瞭戰鬥。一度隻有近藤和永倉奮戰，但也砍倒瞭不少敵人。尊攘派被新選組的拼死決心嚇破瞭膽，沒志氣像國重正文等的看見同僚紛紛倒下而轉身逃跑，有骨氣的如宮部鼎藏則為瞭防止被新選組緝拿而揮刀自盡。等到土方隊的支援到來，人手充足瞭，新選組便把作戰目標從斬殺變為抓捕。最終，取得瞭當場斬獲九人，擒拿四人的戰績，並造成瞭許多浪人重傷，逃出池田屋不久後也因傷勢而死。酒屋中則除瞭血跡，還留下來滿地被砍下的斷肢、頭皮。
在這場戰鬥中有數名尊攘派從屋中逃走，有的藏匿起來，有的跑到各藩藩邸尋求庇護，極不利於人員不多的新選組展開抓捕行動，本以為能躲過一劫。但不久後會津、桑名的援軍趕到，新選組與之聯手，再度展開戰鬥，在接下來的在凌晨的搜捕中，又逮捕瞭二十多名敵人。最終在池田屋事件中有30多名尊攘浪人被捕或戰死，而那個包庇尊攘派，還通風報信的池田屋主人入江惣兵衛，也理所當然的逮捕瞭起來。另一方，新選組戰死1人重傷2人，會津藩5人、彥根藩4人、桑名藩2人戰死，另有負傷十餘名。原本桂小五郎也打算出席這場會議，但在會議進行時沒有準時到場，從而躲過一劫；也有觀點認為小五郎在池田屋中，見勢不妙從屋頂逃跑，最終逃出生天。但不論如何，“逃跑的小五郎”之名就流傳瞭下來。作者：德川傢禛。
天亮時，新選組凱旋而歸，而此時沿途擠滿瞭看熱鬧的人，在眾人的目光中，隊士們穿著被鮮血染紅的衣服、抬著負傷的隊士回到瞭屯所。這滿身血跡是無上的榮耀，抵得過千言萬語的誇耀。從此，新選組的威名響徹雲際，再也沒有尊攘派敢小瞧這夥江戶來的“草根浪士組”，市民也不再懷疑新選組的能力瞭。而且新選組成功的挫敗瞭尊攘派意圖焚毀京都、劫持天皇的計劃，保護瞭這座千年古都，眾人終於可以光明正大的以京都的守護者自居瞭。朝廷與會津藩也褒獎瞭新選組，下賜五百兩金以資鼓勵。據說此行動是新選組最後一次穿淺蔥色羽織，後來就換上瞭黑色的隊服。
池田屋中聚會的尊攘浪人，哪個不是武傢男兒，哪個不是修習武道出身？卻被新選組以少勝多，且壓倒性的斬殺。原本被京都、江戶的劍術名流們嘲笑試衛館的眾人是“不入流鄉下劍術”、“鄉巴佬”，現在這些聲音瞬間消失，挑釁新選組的浪人也少瞭許多。從此新選組向世人證明瞭高手不問出處。嘴上說的再花，不如經過實戰檢驗出的真本事。
池田屋事件後，根據浪人們的招供，他們仍有相當之多潛伏在京都的同黨還逍遙法外，於是會津藩展開瞭對以長州為首的尊攘派的大緝捕行動：對長州口音的人特別盤查，對行蹤詭異的人逮捕審訊。以至於抓到的人太多，監獄都滿房瞭，不得不對一些有罪證的浪人先斬為快。
在這場搜捕行動中也造成瞭一起悲劇：六月十日，協助新選組行動的會津藩士柴司誤傷瞭一名土佐藩士麻田時太郎，麻田重傷後被認定違背武士道而切腹。為瞭挽救會津藩與土佐藩的關系，最終柴司也切腹殉難。是為“明保野亭事件”。不過總之，會津藩及新選組震懾瞭在京活動的尊攘派浪人，使京都暫時重歸平靜，1864年下半年的京都暗殺事件驟然減少。然而這一系列行動卻也極大的刺激瞭長州藩。
（二）禁門之變
去年的八月十八日政變後，朝廷取消瞭長州藩護衛皇宮的資格，並從京都驅趕出去，顏面掃地。上書伸冤不成，又謀縱火、移駕，不想還沒設計好方案，就在池田屋中被新選組提前瓦解瞭。這一次氣急敗壞的長州藩士的舉措更加激進，高喊著為死去的同仁報仇，意圖舉兵攻打京都。
僅僅一個半月後的元治元年七月十九日（1864年8月20日）。由益田親施、真木和泉、福原越後等人領兵攻打京都，是為“禁門之變”。
前一日夜與長州藩勾結的有棲川宮幟仁、熾仁兩位親王、中山忠能等人緊急進宮，呼籲迎接長州勢力入京並驅逐松平容保；久坂玄瑞原本打算帶隊撤離京都等待機會，卻被來島又兵衛、真木保臣等激進派的進兵論所壓制，不得已也參與舉兵。真木保臣本為久留米藩神官，官列從五位下和泉守，故又稱真木和泉，如今卻在尊王攘夷論的感召之下加入長州藩的行列，像這樣的事並非孤例，有許多志士自發參與瞭長州的“義舉”，可見尊攘潮流已經非同一般；而幕府這一邊，禁裡禦守衛總督一橋慶喜聽聞長州藩大部隊約3000人抵進，為避免戰端，親赴前線勸長州藩兵撤離。但後來又接到孝明天皇清除長州的旨意，遂作為大將開始指揮佈防。會津、桑名、薩摩、大垣等藩的士兵守在宮門和各處要地，新選組也守備在稻荷關門。若在京都爆發戰事，將是自1615年大坂夏之陣以來的第一次大名間的戰爭，是太平盛世動搖的征兆。
盡管幕府方盡量避免軍事沖突，屢次勸說長州退兵和平解決事端。但在七月十九日凌晨，戰爭還是爆發瞭。在禦所西邊的京都蛤禦門附近，長州藩兵向會津、桑名藩陣地發起瞭戰鬥。福原隊與國司信濃、來島隊一度突破築前藩守衛的中立賣門侵入京都禦所內，但守衛乾門的薩摩藩援軍趕到後形勢逆轉，長州軍敗退。受狙擊負傷的來島又兵衛自殺瞭。真木、久坂部隊參戰較晚，到達時來島已經戰死，並得知瞭戰線潰敗的消息。盡管如此，他們還是硬著頭皮進攻瞭禦所南面的堺町禦門。但是未能打敗守衛的越前藩兵，不久會津藩和新選組的援兵趕到，長州軍潰敗。見大勢已去，久坂玄瑞、寺島忠三郎等人躲入在鷹司邸，在向藩士入江九一托付遺命後自殺。然而入江在翻墻逃出鷹司府邸時被越前藩士逮個現行，被長矛刺中面部而死。藏匿在日野大納言宅邸的長州藩兵被新選組發現，永倉新八、原田左之助、井上源三郎率隊與之奮戰，約一小時後長州藩兵逃出。
戰鬥勝負已定時，逃亡的長州藩兵邊放火邊逃跑。戰鬥雖然隻持續瞭一天，但燃起的大火一直持續三日，到二十一日早晨，北起一條通，南至七條的東本願寺，大范圍的街區和神社都被燒毀，京都市中約有3萬戶房屋因戰火付之一炬。
幸存下來的長州藩兵逃出京都，福原、國司隊向大阪和播磨方面撤退。在天王山做預備隊的益田隊聽到戰敗的消息後也撤退，返回長州；而主戰派的真木保臣與殘兵敗將則一起藏匿到京都附近的天王山，與宮部春藏等17人以山上的小屋為據點，負隅頑抗。二十日大和郡山藩前去勸降，但被拒絕瞭。於是在二十一日這天，由會津藩兵和新選組擔任主攻，會津藩神保內藏助率兵一百，近藤勇領隊士五十人陣，從山下向上進攻，雙方以鐵炮對射。最終長州殘兵或戰死，或在屋中縱火、自刃而死，真木也吟詩一首後自我瞭斷。戰事結束瞭。
後來，新選組隊士和會津藩兵搜查瞭長州固守的屋中，找出瞭真木保臣的屍體，還在附近的樹林裡找到瞭3000俵的米和3000兩的黃金。米被分給瞭附近的農民和神社，金子歸由會津藩保管。不久後確認瞭長州軍已遠離京都，幕府和各藩軍隊打道回府。新選組也返回瞭壬生村的屯所，養精蓄銳，還得到瞭朝廷、幕府、會津藩的賞金。而長州藩就沒好日子過瞭，很快就被孝明天皇下達瞭“朝敵追討令”，成為舉國之敵；幕府也準備懲戒長州，很快就組織瞭“第一次長州征討”。當然這些對於本文來說都是背景故事，我們再把視線移回新選組。
通過元治元年的池田屋事件、禁門之變，新選組可謂立下赫赫戰功，闖出威名。使尊攘派浪士聞之咬牙切齒，見之膽戰心驚。名聲大噪後，新選組的名譽與義務並存，需要執行更多的任務，由此趁著人氣高漲在元治元年九月開始瞭進行瞭新一輪的隊士招募。這時一部分隊員留在京都繼續執勤，而土方歲三、齋藤一、藤堂平助等人前往江戶試著去招募更多志士。
十月二十七日，在同門的藤堂平助的斡旋下北辰一刀流劍客伊東大藏加入新選組，隨土方等人一同前往京都。因上洛時為甲子之年故被稱為伊東甲子太郎。不久，其弟鈴木三樹三郎、同仁筱原泰之進、加納鷲雄、服部武雄，弟子內海二郎、中西升等一眾人也一起上京，追隨伊東加入新選組。由於伊東能文善武、容貌端麗、口齒伶俐，又聲望頗高，遂擔任瞭新選組的參謀兼文學師范。
除伊東等人外，還有大石鍬次郎、中島登、近藤芳助、久米部正親等人加入新選組。新選組的隊伍擴大瞭，增至約200名的鼎盛規模。同時為瞭安頓更多的隊士，一段時間後屯所從壬生村搬到瞭西本願寺；為瞭響應幕府的長州征討，新選組改組為更適應戰場指揮的小隊制，並制定瞭《軍中法度》，包括十條內容：
一、嚴守役所，不得亂法，進退應聽從組頭命令。
一、嚴禁私下討論敵我強弱。
一、禁止享用美食。
一、不論晝夜急變，皆不可騷動喧嘩。需身心鎮定等候命令。
一、禁止在軍中因私人恩怨爭吵。
一、出陣前吃足兵糧，系緊盔甲，註意檢查槍和太刀的目釘。
一、敵人之間的利害得失，一旦發現應立即上報，即使有誤也不追究過失。
一、組頭戰死時，其組眾也應當場戰死。若有逃出虎口以求生者，依其平日品行定罪當處斬或輕罰，故應做好覺悟，不得有貪生怕死之心。
一、應戰遇險時不得回收組頭以外的戰死者屍體，不可臨陣退縮，應盡忠義。
一、合戰勝利後禁止亂取戰利品，如有禦法命令掠奪，應像公式一樣執行禦法。
十條法度嚴格規范瞭隊士作戰時的行為，並要求在戰場上舍生忘死的戰鬥，儼然將原本負責治安的新選組打造成瞭一支特別部隊，向世人展露出銳利的獠牙。
然而長州在討伐軍的壓力下不戰而降，接受瞭幕府的要求。新選組最終沒有出動，未能獲得前往戰場歷練的機會。
作者：德川傢禛。但是，在新選組的發展呈現出一派繁榮景象的同時也在暗中潛藏著危險。首先是作為伊東一派的核心人物伊東甲子太郎和新選組在攘夷的觀點上達成瞭一致。但新選組的立場是佐幕，而伊東深受水戶學尊王思想的影響，事實上想要執行尊王倒幕的方針，於是雙方的矛盾已經悄悄埋下。新選組又會形成芹澤尚在時期的兩派對立局面嗎？另一方面，新招募的隊伍中也有缺乏志向庸庸碌碌的人、加入隊伍隻為混份工作的人，以及隻是想通過做幕府的鷹犬登上高位的人，魚龍混雜。近藤宣讀瞭新選組的規定，讓這些應征者一起宣誓，就算是集合在一起瞭。
風起雲湧：新選組重組
（一）切腹判決
1865年（元治二年）全日本發生瞭不少大事。
年初的時候，長州藩的內部對抗發展到瞭武裝鬥爭的階段。禁門之變和第一次長州征討戰爭後，長州藩士椋梨藤太等人接管瞭藩政，接受朝廷與幕府的處罰並表示恭順，被蔑稱為“俗論黨”。在野的自稱“正義派”的一群藩士反對向幕府恭順，在高杉晉作等人的領導下招募農兵組織諸隊，對掌權的“俗論黨”藩政府發難。不久後藩政府失敗，以尊王攘夷為口號要求討幕的“正義派”掌控瞭藩政，長州藩開始重整軍備，劍指幕府。
幕府方察覺瞭長州藩的動靜，認為其“更無悔改之意”，“有不逞之圖謀”，遂準備發動第二次長州征討，開始整備軍隊。到瞭下半年的時候在大阪佈陣，並命令諸藩也參與到對長州藩的討伐中來。戰爭氣氛日漸濃烈，而諸藩普遍感到疲憊，不願出兵。就連幕府軍的官兵也士氣低落，不抱有樂觀情緒。
前一年還站在幕府一遍參與瞭對長州作戰的薩摩藩，此時也悄悄的與長州密談，最終不僅拒絕瞭幕府的出兵命令，還暗地裡向長州藩走私來自外國的先進武器裝備，增強長州藩的實力。
懸而未決的開港問題引發瞭列強艦隊闖入攝海的事件，列強武力進逼幕府確定開港日期，幕府想要開港通商，怎奈朝廷就是不同意，拒不下達敕命。朝廷指責幕府“攘夷不利”，未能實現“拒絕開國通商，重歸鎖國”的夙願，甚至竟要求幕府老中阿部正外、松前崇廣切腹謝罪，可謂前所未聞。幕朝關系又一次變得緊張起來，幕府隻得派遣一橋慶喜前去做朝廷的思想工作。
很顯然，幕府正在變得孤立，朝廷、雄藩、列強都把矛頭指向瞭幕府。統治的根基嚴重動搖瞭。
對於新選組來說也是個不順利的一年。先有元治二年一月初八在大阪阻擊土佐藩勤王黨浪士不利，雖然最終阻止瞭激進浪人放火、奪取大阪的計劃，但過程大費周折。緊接著又發生瞭意想不到的大事：新選組總長逃跑瞭！
元治二年二月，山南敬助留下一封“去江戶”的信，就悄悄離開瞭屯所。山南敬助本為新選組的高級幹部，待遇不差。況且按照新選組的規定，擅自脫隊者死。為何要突然逃離呢？十分令人費解。這就不得不分析新選組的一些內部矛盾瞭。
山南逃跑的原因有很多。首先是近藤勇從最初試衛館時期的敬仰名門出身的山南，到上洛後的逐漸冷淡。在信仰上，山南堅持尊王和攘夷的思想，協助幕府隻是途徑；而近藤則比起闊談理論更偏向於輔佐幕府，因而二人也有分歧。芹澤鴨被肅清後，近藤更是依賴土方歲三，自然令山南感到不快。尤其是出身鄉下的土方與博學多才的山南互相看不對眼，兩人時有暗中摩擦，但山南性情溫和，素來不喜爭鬥。而在文久三年的巖城升屋事件中，為搭救被不逞浪士搶劫的吳服商，新選組眾人在大阪高麗橋的巖城升屋與浪士作戰。激戰中的山南負傷，連愛刀也折斷瞭。然而此後土方卻以安心養傷為名，逐漸排擠瞭山南，攬走瞭他的權力。對於權力的鬥爭以土方的勝利而基本告終。
對於近藤而言，失去權力的山南也基本上隻有作為參謀的價值瞭。然而自從伊東甲子太郎的入隊並擔任參謀兼文學師范，新選組內有瞭替代品，山南的地位更是岌岌可危。
其次是山南本為堅定的尊王派，當初加入新選組也是為瞭“勤王”和“攘夷”這兩項事業。如今新選組在近藤的帶領下越來越傾向於佐幕，支持幕府的政策，就與他心中的志向有瞭偏差。同時也就與新選組的其他幹部漸行漸遠。這期間，山南敬助又增多瞭對伊東的接觸，認為伊東的勤王志向與他接近，又是同出身於北辰一刀流劍術，藤堂平助的情況類似，於是三人關系逐漸密切，常聚在一起討論勤王事業。而這一切都更加劇瞭局長近藤勇的不信任，山南愈受排擠。
根據西本願寺侍臣西村兼文的說法，新選組向寺院轉移屯所更進一步刺激瞭山南敬助。轉移駐地不僅僅是因為隊士人數增加，需要轉移到寬敞的地方，而且是因為西本願寺的勤王色彩濃重，曾經藏匿過長州在逃藩士，而且和長州藩毛利傢的關系也很近。因此近藤特意將屯所搬遷到西本願寺，以便監控住這裡。雖然勤王志向的山南表示強烈反對，並稱不能以此為借口霸占寺院重地，況且寺院的僧人也明確表示瞭反對。但是近藤和土方完全不理睬，之後山南便定下瞭與新選組訣別的信念。
最終，山南敬助在大概元治二年二月二十一日的時候離開。
山南不見蹤影、留下的告別信被人發現後，土方歲三立即派人追捕。而他隻派遣瞭沖田總司一人。據說隻派遣沖田是土方知道山南與沖田的關系良好，如果山南像弟弟一樣疼愛沖田的話，就不會抵抗。果然，沖田在出發後不久，就在近江國大津宿找到瞭山南。他沒有反抗，跟著沖田坦然回到瞭新選組屯所。
山南敬助離開屯所也不過一天，而且還是自願回來的。大傢本以為土方歲三會寬恕他，不想卻聽到瞭“切腹”的命令。自試衛館以來就有交情的永倉還曾私下進入關押山南的房間，勸說他再次逃走，山南搖搖頭，拒絕瞭。很快近藤、土方、沖田、齋藤等幹部來到山南面前，根據《局中法度》宣佈瞭“擅自脫隊，判決切腹”的命令。山南謝命，神情自若。隨後向眾人一一道別，並提議由沖田總司作為介錯人。
元治二年二月二十三，新選組總長山南敬助切腹。
山南在腹部切下一刀，沖田含淚介錯。後來近藤亦稱贊“即便是淺野內匠頭，也不會像這樣完美地結束”。伊東也吟誦和歌以示悼念。後來他葬在瞭在京都壬生屯所附近的光緣寺。
作為新選組試衛館派出身的老幹部山南總長，他所受的嚴厲處分在隊中引起瞭一陣波瀾，由於有人感到惋惜，有人感到害怕。對於尊攘論的伊東一派，也是一次敲山震虎。
山南死後，新選組還是將屯所搬到瞭西本願寺。
由於此前提到瞭日本政局的逐漸惡化，決心佐幕的新選組再度開始整備武力，加強對京坂地區治安的維護，並積極響應長州征討。這時不僅再度開始瞭隊士的招募，廣泛接納來自各地佐幕志士的投名狀，還裝備瞭更先進的武器，在西本願寺內開始瞭動靜巨大的大炮、鐵炮訓練，往日寧靜的寺院被震個地動山搖，後來由於住持實在受不瞭，新選組便又將射擊訓練場搬回瞭以前的屯所址壬生村。1865下半年（慶應元年），新選組設立瞭擊劍、槍術、柔術、炮術、馬術、文學各師范，加強對隊士的全方位教導。
（二）集中體檢
1865年6月擔任將軍禦醫的幕府奧醫師松本良順因公務原因來到京都，作為老相識的近藤勇聽聞便登門拜訪。敘舊之餘邀請松本參觀屯所，松本也打算順便對新選組全體隊士進行一次體檢。
松本良順自幼從事醫學，不僅瞭解和醫，還前往長崎學習瞭“蘭醫”，也就是西方的醫學。有這樣精通醫學的名醫造訪新選組是很難得的事，土方聞之也非常高興，熱情的接待瞭這位大人物。
一陣寒暄過後，屯所內開始瞭熱火朝天的集中體檢。新選組的隊士們平時要練習武術、抓捕浪人，普遍身負跌打損傷；消遣的方式多為前往島原花街放松，因而患梅毒者也比較常見；以及當時缺乏防疫意識，患傷風肺癆的也有幾名。“肺癆”即肺結核，由結核分枝桿菌引起，該菌在1882年才由德國醫生發現，所以在此之前更不要提對癥治療瞭。21世紀的今天世界史每年仍有1000萬人感染，其中約有100萬以上的人死於肺結核，可見其可怕。在幕末時代，肺癆就是絕癥，當醫生公佈確診時，幾乎等於宣判瞭死刑。
檢查的結果令松本直搖頭。不過出於醫生的責任心，他為隊士們開瞭藥方，交代隊士們好生休養，接受名醫治療的隊士們都感到很高興。他還看到廚房裡溢出的剩飯，建議用於養豬、鳥再利用，從醫學的角度對屯所內的生活方面進行指導，提高衛生意識，幹部們也十分感謝松本。眾人其樂融融。
但愉快的日子並沒有多久：在這一年的（10月20日）慶応元年九月一日，新選組原四番隊隊長松原忠司死去。這也是令幹部們感到頭疼、對新選組全隊風評不好的一件事。
松原忠司本為播磨國小野藩之子，會劍術，善柔術，文久三年五月加入瞭壬生浪士組。後來在池田屋事件隨土方隊有功，還領到瞭金錢獎賞，並因此在第二年的新選組組織再編時，於四月擔任瞭四番隊隊長兼柔術師范。然而據說，松原就職不久後，在外因一時沖動先殺瞭一名武士，而後又勾搭瞭武士的遺孀。土方發現後，將松原問責免職。不久後，情緒失落的松原和那名女子一同自殺殉死。
後來松原忠司葬在瞭壬生村光緣寺。為瞭掩人耳目，稱其死因為“病死”。
不順利的一年就這樣過去瞭。時間很快來到慶應二年（舊歷慶應二年正月初一是公歷1866年2月15日）。
風暴前夜：新選組內亂
（一）三條制札事件
1866年在幕末史上是十分不同尋常的一年。1866年1月30日，江戶淺草三軒町一帶起火，大火燒毀雷門，這似乎是一個惡兆，也是歷史上雷門經歷的最後一次火災，；3月7日，薩長兩藩秘密締結瞭政治和軍事上盟約，標志著薩摩藩完全倒向瞭討幕，打下瞭倒幕派聯盟的基礎；3月9日的寺田屋事件中，伏見奉行的林肥後守忠交抓捕坂本龍馬失手，不僅讓密會的坂本和三吉慎藏雙雙逃走，還使幕府方近似於“暗殺”的抓捕行為引起不良的社會反響。7月18日第二次長州征討戰爭爆發，幕府號令諸藩討伐長州，然而已經締結密約的薩摩藩拒不從命，其他藩國也多感疲憊和不滿；8月29日，幕府聯軍戰況逐漸惡化的同時，十四代幕府將軍德川傢茂因腳氣病而死。導致將軍空位，幕閣混亂。10月8日，德川慶喜策動朝廷頒佈瞭幕長之間的停戰敕命，雖然使幕府軍順利撤兵避免瞭進一步的損耗，卻也使占據上風的長州藩霸占瞭攻打下來的諸多要地、威望大漲。而幕府威嚴受損。作者：德川傢禛。
一切的一切，對幕府來說都是及其糟糕的，這株年有二百多歲的大樹搖搖欲倒。
為瞭挽救幕府，人稱“水戶貴公子”的一橋慶喜在目睹長州征討失利後，成為眾望所歸的德川宗傢繼承人，也成為瞭幕政的主持者。他不拘一格起用新式人才，並開始瞭幕政維新：推動政治制度近代化、聘請法國顧問團、創立軍用民用工廠、開展新式教育、打造西化軍隊。舊歷的這一年年底，十二月五日孝明天皇代表朝廷宣佈任命德川慶喜為“征夷大將軍”，慶喜成為第十五代幕府將軍。幕府看起來正在新將軍的帶領下老木回春，有復興之勢。
新選組就是在這樣的形勢下，堅定瞭佐幕的志向。在危險與機遇並存的時代，他們繼續著個人的奮鬥，同時也為幕府的復興保駕護航。
這一年的3月28日（慶應二年二月十二日）新選組內又發生瞭肅清事件。出身富商傢庭，擔任新選組勘定方處理會計事務的河合耆三郎，因賬目對不上而以“貪污”為名切腹。據說河合曾向土方請求寬限日期，向傢裡借錢補上賬目資金，但碰巧老傢發生瞭騷亂，所以寄錢的時間推遲瞭，結果資金在河合切腹之後才送到。至於他切腹的真實原因，有說法認為他確實貪污瞭錢款、有說法認為是他想發動叛亂被識破、還有異說是近藤勇挪用瞭資金為藝伎贖身，但具體原因已經很難以說清瞭。
緊接著，在5月15日（慶應二年四月一日）又發生瞭七番隊長兼槍術師范谷三十郎死亡事件。他曾在池田屋事件中出過力，參與阻止瞭土佐浪人火燒大阪的事件，還從大阪商人加賀屋四郎兵衛那借來31500的巨款。四月一日那天他被人發現死在瞭京都東山的祇園社的石階下，有過度飲酒之死一說，也有由齋藤一暗殺的說法，詳細情況不明。
這以上兩起事件發生後，在當時就流傳開新選組內部權力鬥爭而導致謀殺的傳聞。這些說法是否屬實很難判斷，但可以肯定的是：新選組內部出現瞭問題，表現出人心惶惶不安的跡象。
自禁門之變後，京都三條大橋西側的高札場掛上瞭宣佈長州藩為朝敵的制札（佈告牌）。由於幕府的權威在征長失利後更加低落，使一批激進的尊攘派浪士再次在京都活躍瞭起來，他們為表示和幕府作對的行動之一就是拔掉制札，所以到瞭這1866年下半年拔制札的行為頻繁瞭起來，令幕府十分困擾。接到上面命令的新選組加強瞭戒備，準備逮捕犯人。
1866年10月20日（慶應二年九月十二日）晚上，原田左之助等12人埋伏在三條會所裡，新井忠雄等12人隱藏在酒屋裡，大石鍬次郎等10人則隱匿在橋對面的町屋裡，淺野薰等2人化裝成乞丐待在橋畔，埋伏瞭數日就等待著犯人的出現。這天深夜時果然有行蹤可疑的人出現，原田隊隨即開始瞭戰鬥，新選組斬殺瞭一人，抓獲瞭一人。但由於負責通知在橋對面的大石隊的淺野薰，因為害怕從橋上的亂戰中鉆過去而繞道導致通報延遲，沒能完成當初預定的夾擊。結果8名犯人中有6人逃跑。後來經對被抓獲的犯人審訊，得知他們是土佐藩士。隨後此事上報給瞭會津藩。
土佐藩說來也有趣，一部分藩士跟從大名等上層武士走公武合體，也就是佐幕的道路；另一部分藩士則追隨社會上的尊王攘夷的思潮，和薩長攪合在瞭一起。前有明保野亭的不愉快事件，因而在此事上會津藩處理時也覺得十分尷尬，而土佐藩上層也不想與幕府起沖突，於是會津藩與土佐藩便舉行瞭酒宴，就當此事已經解決。奮戰的原田等隊士則得到瞭會津藩的賞金，而淺野薰則因怯懦被逐出瞭新選組。淺野此罪本該切腹，可謂萬幸撿回一條命。然而次年卻又栽到瞭新選組手裡。據說是因為在京都冒名籌款而被盯上，最終而被沖田總司斬殺。
說到總司，就不得不提一件不幸的事：據說就是在這一年裡（也有異說是1865、1867年，本文認為是1866年）幕府醫生松本診斷出瞭沖田總司患“肺癆”，也就是肺結核，感染後會咳嗽、發熱、乏力、食欲下降，這些都符合他的癥狀，他的生命已經開始瞭倒計時。
到瞭九月底，出身松江藩的甲州流軍學傢、新選組五番隊長武田觀柳齋由於已經暗中倒向瞭尊攘派，萌生瞭脫隊的想法，但他並不知道自己的行蹤已經暴露。此前武田試圖接近伊東一派不成，這時則以接近薩摩藩刺探情報為名向近藤申請瞭離開屯所，並得到瞭批準。很難說當時近藤為什麼痛快的許可瞭離隊請求，但武田的故事還沒有結束。
（二）禦陵衛士脫隊
1867年1月30日（慶應二年十二月二十五日），孝明天皇駕崩，他的死因有許多說法，但可以肯定的是，作為公武合體派的核心人物，他的死無疑是繼德川傢茂病逝後對於公武合體派又一個巨大的打擊。此前僅僅二十天前的1867年1月10日（慶應二年年十二月五日）他才剛剛任命一橋傢、德川宗傢當主德川慶喜為征夷大將軍；京都守護職、會津藩主松平容保也是他十分信任，曾經賜予過禦衣、宸翰和禦制的人。現在力促公武合體、反對倒幕的孝明天皇一死，幕府派馬上失勢；而薩長等尊王攘夷派則趁虛而入，試圖把持朝政，助長瞭全國范圍的倒幕論的氣焰。
時代的一粒灰，落到個人頭上就是一座山。幕末政局的劇變，具體到新選組身上，就是加速瞭內部的分裂。在尊王攘夷熱潮的感召之下，1867年4月14日（慶應三年三月十日）伊東甲子太郎、筱原泰之進、藤堂平助等原本就傾向於尊攘論的13人以守護孝明天皇之陵為名、偵查薩摩藩動向脫隊，組成瞭“禦陵衛士”，展開瞭以建立朝廷為中心政體為目標的獨立政治活動，與新選組分道揚鑣。近藤等人自然不快，但伊東的理由充分，不好加以阻攔。沖田總司也想要做些什麼，可是從今年開始他的肺病愈加厲害，以至於感到力不從心瞭。而且新選組幹部們還擔心將伊東一黨留在隊內會以尊王論污染其他隊士，於是同意瞭“另建隊伍”的請求。齋藤一也加入瞭其中，不過他是為新選組做間諜而潛伏進去的。當時伊東主動向近藤提議，稱世道混亂有劍術高手隨同才能放心，想帶走永倉或齋藤中的一人，近藤便讓齋藤同行瞭。不知伊東是因此二人之前因故被近藤嚴厲處分過，想要借機策反他們，還是隻是想要打消近藤的疑慮。但總之，他沒有對同行的齋藤太過提防，相信自己能夠說服齋藤成為同夥，亦或者同行那麼多人，還怕區區一個齋藤一不成？伊東抱著這樣的心態，反倒給瞭齋藤潛伏隊伍中搞情報工作的便利。
六月時，禦陵衛士已經在東山高臺寺的月真院裡駐紮瞭屯所，故又稱“高臺寺黨”；而由於西本願寺的僧人難以忍受新選組在寺院裡的槍炮訓練、切腹斬首，於是斥巨資買下瞭西本願寺南面不動堂村的一塊地並建成屯所供隊士們使用，故新選組在本月中旬也轉移瞭陣地，駐紮不動堂村。
禦陵衛士此時在編制上隸屬幕府的山陵奉行戶田忠至，但私下逐漸接觸瞭薩摩藩，因此在路線上徹底倒向瞭倒幕；而新選組則被提拔為幕臣，近藤勇獲得可以覲見將軍的“旗本”身份、土方歲三獲得次一等的“肝煎”身份，其他人的身份也得到瞭幕府的晉升，並增加瞭全組的俸祿。對於庶民出身的近藤、土方來說這是至高的榮譽，他們喜出望外，受到重用的新選組也更堅定瞭佐幕的志向。不過茨木司、佐野七五三之助、中村五郎、富川十郎4名尊攘派曾要求加入伊東，未能獲得組內批準。此時又不滿於成為幕臣，向會津藩申請脫隊無果，最終在會津藩邸內切腹。從這時起，新選組內部的尊攘派便基本絕跡瞭。
可以看到，新選組與禦陵衛士的對立愈加明顯，這種對立表現在禦陵衛士的身上，就是睡覺也要抱著刀，生怕新選組隨時殺來。當然他們也沒有“束手待斃”，暗中與薩長增加瞭交流，還策劃陰謀。不過在新選組解決禦陵衛士的問題前，礙眼的武田觀柳齋先來橫插一杠。
距離新選組搬到新屯所正好一周時，新選組刺殺瞭武田。刺殺武田的隊士是誰至今眾說紛紜，但武田的惡行是十分確鑿的：加入新選組以來他阿諛諂媚、唯利是圖、兩面三刀的性格就受到不少隊士的厭惡，而自去年聲稱為新選組做薩摩的密探而脫隊後，武田又更加肆無忌憚的接觸薩長，大肆鼓吹尊王論，密謀倒幕。他可能以為自己的“間諜”身份掩護的很好，新選組都沒能察覺，實際上隻是近藤等幹部沒把愛說大話的他當成真正的威脅，僅當做夏日夜晚的蚊蠅罷瞭。況且一時變動太多，暫時沒有精力管他，賬卻是記得清清楚楚的。等到手中活忙完、武田的賬記的夠多瞭，便在京都郊外的鴨川錢取橋結果瞭他的性命。武田一死，待京都局勢稍安定一些時，新選組便能將註意力放到處理伊東等人的問題上來瞭：禦陵衛士的伊東、藤堂、鈴木等人聯名向朝廷和幕府提交瞭要求對長州給予寬大處分的建議書，著實令組內不快，急需斷絕後患。
不過這之後的京都局勢並不穩定，或者說全日本的政局都不穩定：1867年11月9日（慶應十月十四日），德川慶喜宣佈瞭大政奉還，將政權返還給朝廷，一方面是為瞭消除倒幕派的舉兵借口，一方面也為召集諸大名組成議會的雛形，為成立新政府準備政治基礎，但沒有得到佐幕派大名們的一致認同，會議沒有順利召開，未取得預期重新統治日本的效果；幕府不復存在瞭，使許多佐幕志士失去瞭方向，新選組也一度陷入瞭迷茫。可不久之後，世人便發現瞭大政奉還的奧妙之處——朝廷並沒有執政的經驗，於是隻好繼續委任大權於德川傢，也就是說，幕府之名消失瞭而實權仍在。反倒是薩長失去瞭“倒幕”的借口，處境尷尬——幕府都不存在瞭，你們還想舉兵搗什麼亂？不過政壇上的尊攘派暫時消停瞭，可在野的不逞浪士依舊猖獗，就體現在瞭京都的治安問題上：打劫平民的、暗地宣揚倒幕論的、從事暗殺活動的層出不窮。
在這樣的背景下，近藤與幹部們商議妥善處理京都治安問題的對策時，禦陵衛士則準備刺殺近藤勇，不僅會讓新選組群龍無首，甚至想要借機籠絡新選組剩下的隊士。而伊東的許多動向，都由齋藤一秘密匯報給瞭新選組。禦陵衛士的行動與計劃使幹部們大怒，殺心漸起。作者：德川傢禛。
不過，在就要解決伊東問題前三日，新選組又卷入瞭另一個傳聞之中：那就是1867年12月10日（慶應三年十一月十五日）的近江屋坂本龍馬刺殺事件。那天晚上，幾名刺客闖入坂本龍馬在京都的居住地近江屋，將坂本龍馬、中岡慎太郎、山田藤吉三人砍倒。坂本當場斃命、山田次日死去、中岡兩日後也重傷而死。在當時最廣為流傳的說法是新選組十番隊長原田左之助所為，理由是當時伊東前往現場看到瞭疑似新選組隊士的刀鞘，加之遇刺受傷的中岡表示兇手口音是中國到四國一帶的人，兩條線索一綜合正符合伊予松山藩的原田；然而在當時見回組也是懷疑的對象之一，認為是佐佐木隻三郎、渡邊吉太郎、高橋安次郎、桂隼之助四人刺殺瞭龍馬，這也能對應上“四名兇手”的線索；此外，還有紀州藩士因此前土佐藩造成的“伊呂波丸事件”所致的高額賠款，而對龍馬報復性刺殺的說法；而如今最具影響力的假說是薩摩藩行兇，理由是坂本龍馬在德川慶喜大政奉還後一改倒幕論，不僅反對武力倒幕，甚至據說還聲稱要為德川慶喜效勞。這就成為瞭薩長的眼中釘，於是成為瞭西鄉隆盛、大久保利通暗殺的目標，這一說法認為即使刺客不是薩摩藩直接派出的，也是密切瞭解坂本行蹤的薩摩藩故意提供給刺客的。不過近江屋事件很難說與新選組有直接聯系，那麼為什麼要在這裡介紹它呢？因為它後面引出瞭尋仇的土佐藩士與新選組對戰的“天滿屋事件”。
（三）肅清高臺寺黨
話回正題，在伊東準備刺殺近藤的三天前，齋藤一盜走瞭禦陵衛士的一部分活動資金，並喬裝打扮為乞丐到新選組屯所前傳達瞭情報，組內當即決定：先下手為強，這天正是十一月十八日。要說刺殺，畢竟還是一路幹這行走來的新選組更為專業。近藤結合當日早晨伊東湊巧向他提出瞭“為偵查長州”而借錢300兩的請求，便派人答復伊東：錢已籌好，請來酒宴。伊東欣喜，當晚便帶著4名隨從前往近藤妾宅赴宴。宴會上近藤熱情的接待瞭伊東，但對於資金的事，說會津藩暫時還沒送到，次日派人給他們送過去。於是伊東也沒當心，喝醉之後便回去瞭。然而在返途中，近藤早已命新選組隊士大石鍬次郎等在油小路本光寺設伏。據說宮川信吉先上去砍的一刀被伊東躲過，伊東遇刺時甚至還以為是刺客認錯瞭人，竟邊後退邊說著：“別開玩笑，別開玩笑”。隨後大石閃出，猛的一刀砍在瞭他的臉上，這次伊東未能躲開，隻大喊瞭一聲“奸賊”，當場斃命。
大石等隊士確認伊東死亡後返回，向近藤匯報。近藤聽罷下瞭指示：把他的屍體就這樣扔在七條的油小路，讓高臺寺的人來認領，利用這個機會把伊東一黨一網打盡，派遣二十名隊士執行任務，由永倉、原田等人帶隊。不久後，禦陵衛士果然前來收屍，即使藤堂平助已經知道瞭這是陷阱。來著有藤堂平助、筱原泰之進、鈴木三樹三郎、服部武雄、毛內有之助、加納道之助、富山彌兵衛7人。
當禦陵衛士出現後，隱匿在附近的新選組隊士立即殺出，藤堂平助第一個被討死。據永倉所說，近藤認為藤堂還年輕有為，想盡可能地放他一條生路；永倉新八、原田左之助也不忍殺害曾經的同志，為瞭幫助平助逃走，甚至給他開辟瞭逃跑的道路。但卻被不瞭解情況的隊士三浦常三郎撲上來斬殺瞭，據說三浦知情後也後悔無比。
接下來是轉身逃跑的毛內有之助被大卸八塊，慘死街頭；而服部武雄擅使雙刀，背靠民宅做困獸猶鬥之勢，令人不寒而栗。一番激戰後，他砍傷瞭幾名隊士，但最後還是被原田左之助一刀刺入腹部，光榮戰死。其他人則逃之夭夭。近藤見狀指示隊士們收走4人的遺體，先帶回屯所，後來埋葬在瞭壬生寺。到瞭慶應四年二月，有的遺骨又改葬在瞭泉湧寺的塔頭戒光寺，這是後話。
經此打擊，禦陵衛士分崩離析。剩下的同夥有的逃到瞭薩摩藩邸，有的不知去向，便由此解散瞭組織。這一夜發生在油小路的禦陵衛士肅清行動，被稱之為“油小路事件”，是為新選組最後的同室操戈。
油小路事件的半個多月後，1868年元旦（慶應三年十二月七日），上文提到的“天滿屋事件”也在油小路上的一傢名為“天満屋”的旅宿內發生。此前因坂本龍馬遇刺事件而受瞭刺激的土佐海援隊、陸援隊隊士以之前的“伊呂波號事件”盲目判斷刺客來自紀州藩，又因為倒幕派出身的他們自然對紀州德川傢感到不滿。多重原因綜合起來，最終導致他們將目標鎖定為頗有才能的紀州藩士三浦休太郎。由於具體的刺殺計劃還不能確定，於是得知此信的會津藩命令新選組為三浦做護衛，近藤勇便派遣瞭齋藤一、大石鍬次郎等7名隊士前往三浦宅邸。三浦在天滿屋熱情設宴，邀請隊士們享用美食。
正當晚宴歡愉時，與三浦同為紀州藩出身的陸奧宗光、土佐浪士澤村惣之丞等海援隊士、土佐的巖村高俊、大江卓等陸援隊士、龍馬的摯友十津川鄉士中井莊五郎及其他人，組成瞭約有十五六人的龐大刺客團隊，悄悄地摸瞭過來。他們包圍瞭天滿屋，中井敲門裝作登門拜訪，待屋門一開，口中還說著“是三浦先生嗎”的同時立即拔刀砍人，正巧砍中的就是三浦休太郎，致使他臉頰和下巴受傷，好在不是致命傷。三浦退後，屋內的新選組隊士立即拔刀應戰，熄滅瞭燈火，雙方在黑暗中戰鬥，儼然是“復刻池田屋事件”。
戰鬥中齋藤一負重傷，好在梅戶勝之進及時搭救，卻使他也受瞭重傷。這場突襲使新選組方處於不利，好在近藤聽聞戰鬥打響的消息後立即增援，紀州藩也派瞭兵。但援兵到達的時候陸奧等人已經脫身瞭。最終刺客方中井莊五郎死亡，另有2、3人受傷；新選組的宮川信吉和舟津釜太郎戰死、梅戶重傷、輕傷3名，紀州藩的三宅精一、關甚之助也負輕傷。另有三名無辜人員死在刺客手中。雖然死傷嚴重，但總之保護三浦的任務算是艱難的完成瞭。後來，三浦休太郎活到瞭1910年並在明治時代大有作為：擔任大藏省官吏、元老院議員、貴族院議員、東京府知事，位列錦雞間祗候。說明隊士們的流血犧牲沒有白費。
1868年就要到瞭。山雨欲來，大戰將至，新選組將何去何從？後續內容請見本文下篇！
本文為德川傢禛原創，允許規范引用，需註明原作者。禁止一切盜用、仿冒和抄襲行為；禁止未經授權的任何人在其他平臺發佈。違反必究。
